αποστολή της εππ είναι να προστατεύσει τη φυσική και πολιτιστική κληρονομιά της λεκάνης των Πρεσπών στο σύνολό της, προς όφελος όλων των κατοίκων της τόσο σήμερα όσο και στο μέλλον, την οποία επιτυγχάνει μέσω ενός ευρέος φάσματος έργων που προωθούν την αρμονική συνύπαρξη του ανθρώπου και τη φύση. Οι δραστηριότητές της επιδιώκουν να διασφαλίσουν την κατάλληλη διαχείριση των φυσικών πόρων, την αειφόρο ανάπτυξη της λεκάνης, την προστασία των απειλούμενων ειδών και οικοτόπων, και να ενημερώσουν το κοινό και να το ευαισθητοποιήσουν σε θέματα αειφορικής διαχείρισης. Από την αρχή, η ΕΠΠ συνειδητοποίηση ότι η προστασία της εξαιρετικής βιοποικιλότητας και των πολιτιστικών παραδόσεων της Πρέσπας απαιτεί την αρμονική συνεργασία και συμμετοχή των τριών κρατών που μοιράζονται τις λίμνες. Για το λόγο αυτό, το 2013, η ΕΠΠ εγκαινίασε το PrespaNet, ένα διασυνοριακό δίκτυο περιβαλλοντικών ΜΚΟ για την Πρέσπα, μαζί με το MES και το PPNEA.

Σήμερα η ΕΠΠ είναι ένας περιβαλλοντικός οργανισμός του οποίου το έργο αναγνωρίζεται διεθνώς. Ο οργανισμός εδρεύει σε τοπικό επίπεδο, στα χωριά του Αγίου Γερμανού και του Λαιμού στην Πρέσπα και απασχολεί 20 άτομα. Μία από τις βασικές αρχές του έργου της είναι ότι οι κοινές προσεγγίσεις και η στενή συνεργασία μεταξύ ενδιαφερομένων και οργανισμών σε τοπικό, εθνικό και διασυνοριακό επίπεδο, η προώθηση της αμοιβαίας κατανόησης, η δημιουργία κοινωνικού κεφαλαίου και η προώθηση βιώσιμων μακροπρόθεσμων λύσεων. Ως αποτέλεσμα, η ΕΠΠ προωθεί την εταιρική σχέση σε πολλά επίπεδα, από τα συμμετοχικά συστήματα διακυβέρνησης έως τη στήριξη των εθελοντών, και από κοινά έργα πολλών ενδιαφερομένων έως διεθνείς επιστημονικές συμμαχίες.